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测序中国期刊权威发布_免费期刊文献网站(2024年12月精准访谈)

内容来源：AI全自动内容创作接口所属栏目：观点更新日期：2024-12-01

测序中国期刊

中国科大在评估染色体外环状DNA检测方法取得进展 10月25日，中国科学技术大学生命科学与医学部瞿昆教授课题组在《自然•通讯》期刊上发表了文章“Comparative analysis of methodologies for detecting extrachromosomal circular DNA”，系统性评估了7种在测序数据中鉴定eccDNA的分析算法及7种不同实验建库方法的性能和差异。染色体外环状DNA（Extrachromosomal circular DNA, eccDNA）作为一种在真核细胞内广泛存在的环状DNA，在肿瘤研究中具有重要意义。在肿瘤细胞中，eccDNA参与癌基因扩增，基因转录调控和肿瘤异质性，从而促进肿瘤发生和发展。因此，对eccDNA的深入研究可以推动我们对肿瘤发病机制的理解，也为靶向药物的开发提供新的方向。目前，尽管已有多种测序建库方法和生物信息学算法用于eccDNA的鉴定，但eccDNA片段的大小多样且来源于不同基因组区域，实验和分析结果在不同方法间存在较大差异，给研究人员选择最适分析算法和实验方法带来挑战。现有的评估通常只关注准确性或计算需求等单一因素，并且往往基于过于简化的模拟数据，难以反映真实测序数据的复杂性。各类实验方法在检测eccDNA效率方面的显著差异，更加凸显出系统评估这些方法的重要性。研究结果表明，Circle-Map和Circle_finder在短读长测序数据中检测eccDNA具有更高的效率。然而，Circle_finder存在一定的局限性，容易生成冗余结果，即在相同eccDNA的鉴定上出现重复。CReSIL在长度长测序数据（特别是测序深度超过10X时）的eccDNA检测中表现最佳。在实验方法方面，Circle-Seq-LR特别适用于检测长度超过10 kb且具有拷贝数扩增的eccDNA (也称ecDNA)，这类eccDNA与肿瘤进展密切相关。此外，不同实验方法检测到的eccDNA在长度、癌基因组成和基因重复元件的包含等方面展现出显著的异质性。该研究不仅深入分析了各种检测eccDNA的分析算法和实验方法的优势和局限性，还在GitHub上提供了完整的分析流程、代码和模拟数据集，旨在帮助研究人员根据自身数据特点选择最优的分析流程，为进一步提升eccDNA检测方法奠定了参考基础。

阿克苏糖心苹果：天山脚下的甜蜜传奇 𐟍Ž 四月的春风带来了花香，五月的阳光照耀着苹果树，到了霜降前后，阿克苏地区的苹果园里，香气扑鼻。𐟌𘰟 “今年的采摘季来得早，现在已经基本结束了，现在正是销售旺季。”果农杜民超边说边切开手中的苹果，只见果核处呈现出琥珀色半透明状，形似雪花，这就是著名的“冰糖心”。𐟍슊阿克苏苹果的含糖度高达18%，远超普通苹果的13%。霜降前后，经过多次低温自然霜冻，糖分在苹果内部聚集，形成半透明的结晶状，这就是“冰糖心”的形成过程。阿克苏苹果协会会长宋海波介绍，糖心现象多发生在成熟度较高的果实中，富士苹果是形成糖心最常见的果品之一，而阿克苏苹果正是富士苹果的一种。𐟌᯸ 新疆的苹果历史悠久。《大唐西域记》中提到“阿耆尼国和屈支国出产的柰”，屈支国就在今阿克苏地区库车市附近，“柰”即苹果。2017年，山东农业大学陈学森教授团队在国际学术期刊《自然ⷩ€š讯》(Nature Communications)上发表的研究成果显示，通过基因测序证实，中国新疆野苹果是世界栽培苹果的起源。𐟌𑊊自20世纪80年代起，新疆多地开始大量种植苹果树。阿克苏苹果作为中国国家地理标志产品，入选《中欧地理标志协定》第二批保护名录。𐟌Ÿ 阿克苏苹果果形斜尖、果面光滑细腻，果肉甘甜多汁，果核透明有糖心，富含丰富的维生素C、纤维素、果胶等。𐟍Ž 今年阿克苏冰糖心苹果的种植面积约51.3万亩，挂果面积约48万亩，截至11月10日，已累计采收苹果约82万吨，预估年产值逾40亿元。𐟌𞊊如今，阿克苏苹果已拥有从种植、采摘，到冷藏保鲜、包装运输、精深加工、电商销售等“一条龙”产业链。由阿克苏苹果加工成的果干、果汁、果醋等亦畅销各地。𐟛’

2024年11月18日，中国医学科学院北京协和医学院、中南大学湘雅二医、南华大学衡阳医学院的研究人员在" Redox Biology "期刊上发表了一篇题为" Time-restricted eating reveals a “younger” immune system and reshapes the intestinal microbiome in human "的临床研究论文。这项临床试验显示，16+8轻断食有助于抗衰老，每天下午5点以后不吃饭，免疫系统更年轻，肠道菌群的组成更年轻。在这项研究中，研究人员进行了一项单臂临床试验，共纳入59名参与者，其中16+8轻断食组49人，对照组10人，在连续30内，轻断食组每天上午9点到下午5点进食，其余时间禁食，食物均衡、热量适宜，每周记录一次参与者的体重，并在第0、14、30天采集外周血，试验前后采集粪便样本，分析了16+8轻断食对免疫衰老、肠道菌群和代谢的影响。对照组饮食结构与轻断食组相似，不对食物摄入时间进行干预。在轻断食组中，研究人员监测了体重指标变化、T和B细胞频率、CD4 +衰老T细胞频率、免疫组库测序、代谢组学分析，以及血清代谢物和肠道菌群的变化。结果发现，轻断食组中96%的参与者减轻了体重，大多数人减轻了2-4%，并且在限时饮食期间持续稳定下降。对免疫系统分析发现，轻断食降低了循环中衰老CD4 + T细胞的比例，而增加了Th1、Tfh样细胞、Treg细胞和B细胞的比例。对免疫组库分析发现，轻断食增加了T细胞受体’Œ“𞧚„比例，并降低了B细胞受体’Œ“𞧚„比例，表明轻断食改善了免疫系统功能。此外，轻断食还具有代谢益处，发挥抗炎和抗衰老作用，轻断食上调了抗炎和抗衰老血清代谢物的水平。对肠道菌群分析发现，轻断食提高了肠道菌群䚦 𗦀篼Œ降低了厚壁菌门和变形菌门丰度，增加了拟杆菌门和放线菌门丰度，并增加了几种抗炎益生菌丰度，包括Akkermansia和Rikenellaceae。重要的是，轻断食组参与者肠道菌群的组成更像百岁老人和年轻人，表明轻断食组参与者的肠道菌群趋于年轻化。 #轻断食# #健康科普# #轻断食减肥# #禁食# #女性健康# #抗衰# #抗衰老# #免疫力#

【藏羚首个染色体水平的高质量基因组公布】记者从青海省科技厅了解到，11月12日，中国科学院西北高原生物研究所研究员张同作联合青海大学副教授魏青等团队，成功组装了藏羚染色体级别的基因组，首次获得藏羚染色体水平的高质量基因组和注释信息，相关研究结果在《自然》旗下综合性科学期刊《科学数据》上发表。研究团队基于PacBio HiFi三代基因组测序、Hi-C测序和DNBSEQ-T7二代基因组survey测序三种测序技术，成功组装了藏羚染色体级别的基因组。基于EDTA和RepeatModeler从头预测的藏羚基因组中重复序列注释结果表明，藏羚基因组重复序列主要由SINEs、LINEs、LTRs和DNA transposons四种类型组成，序列总长度为1.65Gb，占基因组的52.47%；基于蛋白同源预测、蛋白从头预测和深度学习等多种策略，在藏羚基因组上共注释到28330个功能基因。研究团队首次获得藏羚染色体水平的高质量基因组和注释信息，为藏羚的适应进化遗传机制、保护遗传学研究及进一步探索物种迁徙行为的遗传机制提供了重要的基因组资源。

AI助力中国科学家发现超16万种RNA病毒！在科技日新月异的今天，人工智能（AI）正以前所未有的方式改变着我们的生活，并在科学研究中发挥着越来越重要的作用。近日，中国科学家团队在国际顶级学术期刊《Cell》上发表了一项令人瞩目的研究成果，他们利用云计算与AI技术发现了超过16万种全新的RNA病毒，这一发现不仅大幅扩展了全球对RNA病毒多样性的认知，也为未来的病毒学研究开辟了新的道路。这项研究由中山大学医学院的施莽教授团队与阿里云的李兆融团队共同完成。他们通过深度学习分析来自全球不同环境的10487份RNA测序数据，成功识别出超过51万条病毒基因组，这些基因组代表了超过16万个潜在病毒种及180个RNA病毒超群。这一发现将RNA病毒的种类数量提升了近30倍，其中23个超群更是传统序列同源方法难以识别的“暗物质病毒”。 AI在病毒发现中的优势在于其强大的数据处理能力和自主判断能力。传统的RNA病毒鉴定方法高度依赖于序列同源性比对，即通过比较未知病毒与已知病毒的序列相似性来进行识别。然而，RNA病毒种类繁多且高度分化，传统方法难以捕捉缺乏同源性或同源性极低的病毒。而AI算法则能够通过对病毒和非病毒基因组序列的深度学习，在海量数据中快速找到关键序列，从而大大提高了病毒鉴定的速度和准确性。此次发现不仅重新定义了病毒的多样性，也为未来的病毒研究提供了新的视角和可能性。例如，研究团队发现了迄今为止最长的RNA病毒基因组，长度达到47250个核苷酸，并识别出超出以往认知的基因组结构，展示了RNA病毒基因组进化的灵活性。这些发现不仅为生物科学家研究病毒演化和传播机制提供了新视角，也为全球公共卫生安全打下了坚实的基础。此外，AI在病毒研究中的应用还远不止于此。在新冠病毒的研究中，AI通过分析大量数据，帮助科学家更好地理解病毒的生物学特征、基因组结构、传播途径以及潜在治疗方法等方面，为疫情防控工作提供了宝贵的支持。例如，AI可以预测病毒的传播趋势、诊断病毒感染、研究病毒的基因组变异以及开发新药和疫苗等。此次中国科学家团队的重大突破无疑会引起全球科学界的广泛关注。这一研究成果不仅展示了AI在病毒学研究中的巨大潜力，也为未来的科学研究提供了新的范式和思路。随着AI技术的不断发展和完善，相信它将在更多领域发挥重要作用，为人类社会的进步和发展贡献更多智慧和力量。总之，AI助力中国科学家发现超16万种RNA病毒的研究成果是科技领域的一次重大突破。它不仅扩展了我们对病毒多样性的认知，也为未来的病毒学研究提供了新的方向和可能性。我们期待在未来的科学研究中，AI能够继续发挥重要作用，为人类社会的健康和发展贡献更多力量。

这个图不错诶 #国民医生说##微博健康公开课# 四川大学生物治疗全国重点实验室科研团队的新成果登上了《nature methods》期刊封面。团队发表了题为“Real-time detection of 20 amino acids and discrimination of pathologically relevant peptides with functionalized nanopore”的研究论文，阐明纳米孔单分子检测新策略，实现了对全部20种天然氨基酸的直接区分，提出并验证了纳米孔外切酶实时多肽测序方法（简称NEPS），为实现单分子蛋白质测序提供了可行途径，展示出生物传感器技术与人工智能算法结合的优异潜力，代表我国生物传感技术与蛋白组学工具的原始创新能力进入全球前沿方阵。 [中国赞]

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