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科研效率翻倍!必备工具大揭秘 在科研的道路上,效率就是生命!很多时候,我们因为不知道某些便利工具的存在,而浪费了宝贵的时间。今天,我要给大家介绍一个超级实用的网站——SciBank,它汇集了众多在线工具,可以帮助你轻松收集学术资料、进行英语纠错、数据库查询、蛋白与核酸分析等。遇到科研问题时,先别急着动手,看看有没有现成的工具可以帮你,效率绝对翻倍!ከ收集:海量资源任你挑 资料收集是科研的基础。除了大家熟知的PubMed和谷歌学术,还有一些高校和专利的收集工具,比如JAIRO和Apollo。此外,还有各种数据库,比如信号通路数据库KEGG、蛋白与小分子对接数据库BindingDB、高分子建模软件库ROSIE等。这些工具在各个领域内都能提供丰富的数据资源。 科研助手:节省你的宝贵时间 在科研过程中,一些小工具能帮你节省大量时间。比如,免费的Grammarly可以帮你进行语法纠错,Matcha可以将公式转换成Latex格式,还有一些格式、公式、名词分析工具,在关键时刻真的能救你一命! 计算软件:生物化学信息学神器 生物信息学工具如MHCpred可以预测多肽与组织相容性,化学信息学工具如DockRMSD可以进行在线对接,中药靶点数据库TTD和通用化学AI框架DeepChem也是被广泛验证过的便利工具。将这些工具收入你的工具箱,绝对没错!슊总之,科研效率的提升离不开这些实用工具的帮助。赶紧去试试这些网站和工具吧,让你的科研之路更加顺畅!
网络药理学:从零开始到发表SCI的指南 网络药理学其实并没有大家想象的那么高深莫测。今天,我就来分享一些我自己学习网络药理学时用到的各种资料,希望能帮到大家。 网络药理学的基础概念 网络药理学是基于药物与药物之间在结构、功效等方面的相似性,以及机体内靶标分子和生物效应分子的多种相互作用关系,通过构建药物-药物、药物-靶标等网络来预测药物的功效以及特定功效对应的药物。简单来说,就是通过分析药物之间的相互作用关系来理解药物的疗效。 中药网络药理学的分析思路 中药网络药理学主要基于中药复方,利用系统生物学与系统药理学的原理,研究中药的多成分、多靶点特点。分析思路通常分为三步: 第一步:找到有效靶点。通过数据库、文本挖掘或软件预测等手段找到某方剂、药对或中药中的有效靶点。这一步的加分项是通过计算机模拟和体外实验(如SPR分析、Biocore)等验证药物小分子与靶分子之间的作用位点。 第二步:筛选靶分子相关的生物学功能和分子通路。通过GO/KEGG富集分析来筛选靶分子相关的生物学功能和分子通路。 第三步:构建互作网络。可以是药物-活性成分-相关生物学功能/通路之间的互作网络,也可以是活性成分-相关生物学功能/通路-表型/疾病之间的互作网络,甚至是靶分子之间的互作网络。这一过程中的每一步的预测,也可以根据预测网站或软件等分析工具加上对应的统计值表格。 干湿结合的中药网络药理学研究 簟劊这类研究侧重于实验研究,一般IF在3-5分之间。把网络药理学当作筛选靶基因、相关生物学功能、通路的预测手段,也是按三步走的策略,每一步再通过常规的分子生物学、细胞生物学的技术加以验证。 网络药理学与生信结合的分析套路 这类研究把生信分析套路和网络药理学套路有机结合,一般IF在1-6分左右。第一步是通过数据库、文本挖掘或软件预测等手段找到某方剂、药对或中药中的有效靶点。这一步的加分项是通过计算机模拟和体外实验(如SPR分析、Biocore)等验证药物小分子与靶分子之间的作用位点。 网络药理学做图软件 寸 常用的网络药理学做图软件有三个,分别是Cytoscape、Gephi和VisANT。这些软件可以帮助你更好地理解和可视化药物之间的相互作用关系。 网络药理学相关文献 网络上有很多关于网络药理学的文献,可以通过数据库或学术期刊网站进行搜索和下载。这些文献可以为你提供更多的研究思路和方法参考。 TCMSP中药网络药理学资料 TCMSP(中药系统药理学数据库)提供了大量的中药网络药理学资料,包括KEGG通路富集分析、GO功能富集分析等视频教程和脚本文件。这些资料可以帮助你更好地理解和应用中药网络药理学。 总结 网络药理学并不是高不可攀的学问,只要掌握了基本的概念和分析思路,再加上一些实用的工具和资料,你也能轻松上手。希望这篇指南能帮到你,祝你早日在SCI上发表自己的研究成果!
网络药理学学习资料大放送,轻松掌握! 曾经花费5000元购买的网络药理学资料,现在免费分享给大家!这些资料对我帮助巨大,现在用不到了,希望对你们也有帮助。 网络药理学其实并不复杂,三天就能入门。以下是部分资料内容: 网络药理学做图软件(3个) 网络药理学相关文献 网络药理学系列一(共11讲) 网络药理学系列二(共14讲) 网络药理学系列三(共15讲) 特别推荐:TCMSP中药网络药理学资料,包括14个视频,涵盖KEGG通路富集分析、GO功能富集分析、symbol转换为基因id、PPI网络核心基因、PPI网络构建以及中药网络药理学可视化等多个方面。 这些资料不仅适合初学者,也适合有一定基础的药理学家。快来下载,开启你的网络药理学之旅吧!
8k网络药理学教程免费分享,快来领取! 大家好,今天我要和大家分享一份价值8k的网络药理学教程,真的是医学科研大佬们的结晶啊!经过一番努力,我终于学完了这些内容,现在整理出来分享给大家,绝对的白嫖福利哦! 网络药理学教程概览 首先,这个教程包括了三个部分的详细内容:网络药理学做图软件、网络药理学相关文献以及一系列的网络药理学讲座。具体来说: 网络药理学做图软件(3个) 这些软件可以帮助你更好地进行网络药理学的可视化操作。 网络药理学系列讲座 这个部分包含了多个讲座,从基础到进阶,适合不同层次的研究人员。 网络药理学相关文献 这些文献都是最新的研究成果,可以帮你了解最新的研究动态。 详细内容展示 接下来,我会详细介绍一下教程中的一些关键内容: KEGG富集分析.mp4 - 344.19MB GO功能富集分析.mp4 - 285.56MB 基因名字转换成基因id的脚本 - 182.36MB 药物调控网络.mp4 - 332.46MB cytoscape输入文件准备.mp4 - 179.45MB 蛋白互作PP网络构建.mp4 - 290.22MB 多个化合物处理.mp4 - 266.3MB TCMSP中药网络药理学资料 此外,教程中还特别提到了TCMSP中药网络药理学资料,这部分内容非常适合中药研究者。具体包括: KEGG通路富集分析(走脚本) - 223.09MB GO功能富集分析(走脚本) - 237.3MB symbol转换为基因id(走脚本) - 136.98MB PPI网络核心基因(走脚本) - 181.73MB PPI网络构建 - 238.77MB 中药网络药理学可视化 - 304.1MB 总结 这份教程真的是涵盖了网络药理学的方方面面,从基础到进阶,从软件到实践,内容非常丰富。希望这份教程能对大家有所帮助,赶紧下载学习吧!如果有任何问题,欢迎在评论区留言,我会尽力解答。祝大家科研顺利!
网络药理学资料大放送,药理学必备! 终于有大佬整理出了网络药理学的详细资料,赶紧分享给大家,不用白嫖! 网络药理学做图软件(3个) 【网络药理学】相关文献 【网络药理学】系列一(共11讲) 【网络药理学】系列三(共15讲) 【网络药理学】系列二(共14讲) 网络药理学资料(zip文件) KEGG富集分析.mp4 GO功能富集分析.mp4 基因名字转换成基因id(脚本安装) 药物调控网络.mp4 Cytoscape输入文件准备.mp4 蛋白互作PP网络构建.mp4 多个化合物处理.mp4 🠔CMSP中药网络药理学资料 TCMSP中药网络药理学资料.zip KEGG通路富集分析(走脚本) GO功能富集分析(走脚本) symbol转换为基因id(走脚本) PPI网络核心基因(走脚本) PP网络构建.mp4 中药网络药理学可视化.mp4 详细内容 14. KEGG通路富集分析(走脚本) 13. GO功能富集分析(走脚本) 12. symbol转换为基因id(走脚本) 11. PPI网络核心基因(走脚本) 10. PPI网络构建 09. 中药网络药理学可视化 08. Cytoscape输入文件准备(走脚本) 07. 药物靶点和疾病靶点交集(走脚本) 这些资料涵盖了网络药理学的各个方面,从基础到进阶,适合各个层次的药理学爱好者。赶紧下载学习吧!
USP7新发现:促GBM凋亡 泛素化修饰在蛋白质翻译后修饰中扮演着重要角色,其中USP7抑制剂P5091对GBM细胞的凋亡具有显著影响。通过不同浓度的P5091处理GBM细胞,发现细胞活力随时间和浓度呈现依赖性下降。在处理48小时后,SHG-140和T98G细胞的半抑制浓度分别为1.2和1.59。随着P5091浓度的增加,GBM细胞的早期、晚期凋亡和总凋亡均显著增加。 젨🛤𘀦研究表明,P5091处理后,GBM细胞中BCL2蛋白表达显著降低,而BAX和caspase3蛋白表达则显著增加。这些结果与免疫荧光的结果一致,表明P5091对GBM细胞具有明显的促凋亡作用,且其凋亡作用随浓度的增加而增加。 为了探究USP7诱导GBM细胞凋亡的机制,作者使用Co-IP和LC-MS/MS结合的方法鉴定了SHG-140细胞中的USP7结合蛋白。鉴定出的蛋白与KEGG通路分析显示,USP7与蛋白酶体功能高度相关。通过对蛋白提取物进行TMT蛋白质组学分析,发现368种蛋白质的含量发生了变化,其中227种蛋白质增加,141种蛋白质减少。 最终,作者成功筛选了ARF4,一种与USP7抑制剂结合的蛋白,并提出了USP7通过蛋白酶体途径感染ARF4的假设。这些发现为泛素化修饰在GBM细胞凋亡中的机制研究提供了新的线索。
GEO数据库生信分析全攻略 GEO数据库生信分析是一种强大的工具,可以帮助我们理解生物数据。以下是详细步骤: 差异表达分析 通过先进的算法,我们可以找到在不同条件下表达水平有显著差异的基因。 表达矩阵整理 将数据集的探针ID进行转换,合并去批次,整理成表达矩阵。 火山图和热图绘制 加 基于limma分析或counts分析,绘制火山图和热图,直观展示差异表达情况。 富集分析 进行GSEA、ssGSEA、GSVA等富集分析,揭示基因的生物学功能。 GO和KEGG通路分析 䯸 通过GO和KEGG通路分析,了解基因在细胞通路中的位置和作用。 免疫浸润和转录因子分析 ꊠ 研究免疫细胞的浸润情况和转录因子的表达模式。 网络突变分析 利用WGCNA方法构建基因表达网络,进行网络突变分析。 CNV分析 检测基因组的拷贝数变异,了解基因组结构的变化。 聚类分析 通过聚类分析,将表达模式相似的基因或样本聚在一起。 敏感性分析 ꊠ 评估不同条件下的敏感性,了解实验结果的可靠性。 多种数据库支持 支持多种公共数据库,包括TCGA、ICGC、GEO、UCSC等,确保分析的全面性和准确性。 生信作图 芠 提供高质量的科研作图,帮助您直观展示分析结果。 结果解读及解惑 提供详细的分析报告,帮助您理解复杂的生信数据。 指导专业解读 袀⚕️ 对mRNAsi、C50和干性指数等先进指标提供专业解读。 生信分析医学留学生咨询 为医学留学生提供生物信息学咨询,指导生信分析和SCI写作。 孟德尔随机化辅导 슠 提供孟德尔随机化定题、TWAS、SMR、PWAS、COLOC、PPIMR等分析服务。 线性和非线性MR分析 进行线性和非线性孟德尔随机化分析,了解基因与疾病的关系。 暴露疾病、睡眠神经方向研究 쯸 研究环境暴露与疾病的关系,以及睡眠和神经系统的相关研究。 肿瘤甲基化影响 探索肿瘤中甲基化对基因表达的影响。 通过这些步骤,我们可以更深入地理解生物数据,为科学研究提供有力支持。
8k元网络药理学教程免费分享 这些资料是医学科研大佬们精心整理的,经过一番努力终于学完了,现在分享给大家,绝对免费哦! 网络药理学教程概览 网络药理学教程用不到了,分享给大家,拿走不谢! 网络药理学系列一(共11讲) KEGG富集分析.mp4 GO功能富集分析.mp4 基因名字转换成基因id(脚本安装) 药物调控网络.mp4 Cytoscape输入文件准备.mp4 蛋白互作PP网络构建.mp4 多个化合物处理.mp4 网络药理学系列二(共14讲) KEGG通路富集分析(走脚本) GO功能富集分析(走脚本) Symbol转换为基因id(走脚本) PPI网络核心基因(走脚本) PPI网络构建.mp4 中药网络药理学可视化.mp4 网络药理学系列三(共15讲) KEGG通路富集分析(走脚本) GO功能富集分析(走脚本) Symbol转换为基因id(走脚本) PPI网络核心基因(走脚本) PPI网络构建.mp4 中药网络药理学可视化.mp4 额外资料 TCMSP中药网络药理学资料.zip KEGG通路富集分析(走脚本) GO功能富集分析(走脚本) Symbol转换为基因id(走脚本) PPI网络核心基因(走脚本) PPI网络构建.mp4 中药网络药理学可视化.mp4 Cytoscape输入文件准备(走脚本) 药物靶点和疾病靶点交集(走脚本) 总结 这些教程涵盖了网络药理学的多个方面,从基础到进阶,适合各个层次的科研人员。希望这些资料对大家有所帮助!
如何解读KEGG气泡图❓ 气泡图是一种用于展示不同生物学通路在富集分析中的结果的图表。通过分析这种图,可以观察到与特定疾病或条件相关的生物学通路。 例如,PI3K-Akt信号通路和JAK-STAT信号通路的气泡较大且颜色偏红,这表明这些通路在富集分析中非常显著,并且涉及到的基因数量较多。 如何制作气泡图: 1️⃣ 数据收集:首先需要一组数据,包含你想在图表中展示的各项指标。 2️⃣ 统计分析:使用统计方法,如富集分析,来确定每个生物学通路中显著基因的数量以及相关的P值。 3️⃣ 图形生成:利用绘图软件或编程语言(如R、Python等),根据收集到的数据绘制气泡图。 4️⃣ 分析气泡图的结果 5️⃣ 寻找显著的通路:寻找那些气泡大且颜色深的通路。这表示在这些通路中不仅有较多的基因表现出显著的活动,而且统计显著性也高。 6️⃣ 了解通路功能:识别这些显著的通路后,研究者会进一步探索这些通路在疾病或生理过程中的具体作用。 7️⃣ 比较不同通路:比较各个通路之间的显著性和基因数量,可以帮助研究者了解哪些通路可能在研究的条件下起主导作用。 留下你的方向,我来看看思路
网络药理学学习资料大公开,轻松掌握! 终于有人整理好了网络药理学的宝贵资料,快来看看吧! 网络药理学做图软件:3个必备工具,让你的研究更上一层楼! 网络药理学相关文献:深入了解网络药理学的理论基础。 젧𝑧類学系列一(共11讲):从基础到进阶,带你全面掌握网络药理学。 젧𝑧類学系列二(共14讲):深入探讨网络药理学的实际应用。 젧𝑧類学系列三(共15讲):涵盖网络药理学的最新研究成果。 网络药理学zip文件:包含所有关键资料,方便下载和学习。 堨熩⑦程:详细讲解网络药理学的重要概念和方法。 中药网络药理学资料:专为中药研究设计的网络药理学资源。 数据分析工具:提供KEGG通路富集分析和GO功能富集分析等强大工具。 基因名字转换脚本:将基因名字转换为基因ID,方便进行后续分析。 蠨柳騰控网络视频:展示药物如何通过调控网络影响生物过程。 寸 Cytoscape输入文件准备:教你如何准备Cytoscape所需的输入文件。 蛋白互作网络构建:构建蛋白质相互作用网络,揭示生物过程的复杂性。 多个化合物处理:处理多个化合物,分析它们对网络的影响。 🠔CMSP中药网络药理学资料:专为中药研究设计的网络药理学资源。 TCMSP中药网络药理学资料.zip:包含所有关键资料,方便下载和学习。 堔CMSP中药网络药理学视频教程:详细讲解中药网络药理学的关键概念和方法。 中药网络药理学可视化:将中药的网络药理学研究结果可视化,直观展示药物的作用机制。 PPI网络核心基因:找出PPI网络中的核心基因,深入了解它们在网络中的作用。 PPI网络构建:构建PPI网络,揭示蛋白质之间的相互作用关系。 🠤𘭨什络药理学可视化:将中药的网络药理学研究结果可视化,直观展示药物的作用机制。 药物靶点和疾病靶点交集:找出药物靶点和疾病靶点的交集,深入了解药物的作用机制。 堧𝑧類学视频教程:详细讲解网络药理学的关键概念和方法,帮助你快速上手。 网络药理学资料下载:提供所有关键资料的下载链接,方便学习和使用。
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