图1. 空间转录组学鉴定脉络丛肥大细胞
案例2
转录因子PagMYB31正向调控杨树形成层活性和负向调控木质部发育
英文标题：Tranion factor PagMYB31 positively regulates cambium activity and negatively regulates xylem development in poplar
发表期刊：Plant Cell
影响因子：10.0
客户单位：中国林业科学研究院
物种样本：杨树茎组织
技术策略：scRNA-seq，空间转录组
DOI：10.1093/plcell/koae040
该研究表明转录因子PagMYB31在木材形成的不同阶段具有相反的作用，既能促进木质部细胞的分裂，又能抑制木质部细胞的扩张和次生细胞壁的生物合成。此外，PagMYB31在维持木质部细胞的稳态方面也发挥着重要作用。研究人员还构建了一个PagMYB31介导的转录调控网络，以帮助了解其协调木材形成过程的分子机制。综上，PagMYB31对于协调木材形成的不同发育阶段具有重要意义，并可能成为操纵木材形成不同发育阶段的潜在靶点。
图8. 杨树分化木质部的转录组分析
案例3
通过单细胞转录组、空间转录组、普通转录组技术探究膀胱癌恶化转移机制
英文标题：PDGFRa+ITGA11+ fibroblasts foster early-stagecancer lymphovascular invasion and lymphaticmetastasis via ITGA11-SELE interplay
发表期刊：Cancer Cell
影响因子：48.8
客户单位：中山大学孙逸仙纪念医院
物种样本：BCA癌和癌旁组织
技术策略：scRNA-seq，空间转录组
DOI：10.1016/j.ccell.2024.02.002
实体癌转移到淋巴结（LN）的概率非常高，并且相当多的早期膀胱癌（BCA）表现出淋巴血管侵犯（LVI）并最终转移扩散到淋巴管。需要注意的是，癌症相关成纤维细胞（CAF）在晚期癌症中具有高度异质性，但CAF在早期癌症中的功能和机制仍不清楚，本研究致力于探究早期膀胱癌（BCA）LVI形成的细胞特征以及CAF在早期肿瘤中的功能与机制。
作者收集了早期BCA组织和癌旁组织进行单细胞转录组测序。完成细胞注释后作者关注数据中的CAF，结合TCGA数据库以及多重免疫组化，作者发现LVI+组中的CAF不仅与BCA患者的LVI、更差的总体生存和淋巴结（LN）转移正相关，并且还具有更高的浸润性成纤维细胞密度。为了进一步确认PDGFRα+/ITGA11+CAF参与BCA进程的机制，作者对LVI+和LVI-的BCA组织切片进行了空间转录组测序。
图3. BCA空间转录组分析与关键细胞亚群鉴定
案例4
单细胞转录组+空间转录组揭示人类胚胎肺近端-远端模式的发育程序
英文标题：Single-cell RNA sequencing reveals the developmental program underlying proximal–distal patterning of the human lung at the embryonic stage
发表期刊：Cell Research
影响因子：44.1
客户单位：中国科学院广州生物医药与健康研究院
物种样本：人胚胎的肺
技术策略：scRNA-seq，空间转录组
肺是人体的主要呼吸器官，其中近端气道和远端肺泡分别负责空气传导和气体交换。然而，在人类肺发育的胚胎阶段，近端-远端模式的调节在很大程度上是未知的。因此，作者首先借助单细胞转录组（scRNA-seq）研究了受精后4-8周胚胎早期肺近端和远端上皮细胞的基因表达模式，构建了169，686个细胞的转录图谱。接着通过空间转录组研究了胚胎早期肺近端和远端的生态位，最后通过两组学的结合扩大了人类早期胚胎肺发育的生物学认知，加深了人类肺发育中上皮近端-远端模式的理解，为再生医学开辟了新的途径。
图4. scRNA-seq与ST-seq关联研究基质细胞和上皮细胞的接近性
案例5
单细胞转录组+空间转录组测序揭示果实衰老的时空轨迹
英文标题：Single-cell and spatial RNA sequencing reveal the spatiotemporal trajectories of fruit senescence
发表期刊：Nature communications
影响因子：16.6
客户单位：江汉大学
物种样本：火龙果果皮
技术策略：scRNA seq，空间转录组
果实的衰老是一个复杂的生理过程，果皮中包含多种细胞类型，这使得阐明它们在水果衰老中的个体作用极具挑战性。本研究构建了火龙果（Hylocereus undatus）果皮的单细胞表达图谱，揭示了在水果衰老过程中外果皮和中果皮细胞发生了最显著的变化。使用拟时分析建立了衰老过程中的细胞分化和基因表达轨迹。揭示了早期反应因子HuCMB1在衰老调控网络中的核心作用。
图5.外果皮和内果皮细胞的亚群聚类分析
案例6
通过空间转录组绘制小鼠椎间盘空间转录组图谱
英文标题：Characterization of the Nucleus Pulposus Progenitor Cells via Spatial Tranomics
发表期刊：Advanced Science
影响因子：15.1
客户单位：厦门大学
物种样本：小鼠椎间盘
技术策略：空间转录组
椎间盘（Intervertebral disc, IVD）是由位于中央部位的髓核（Nucleus pulposus, NP），外部纤维环（Annulus fibrosus, AF）和相邻椎体之间的软骨终板(cartilaginous endplates, CEP) 三个单元组成。NP组织对IVD稳态的维持至关重要，NP细胞的功能退变和数目减少是导致IVD退行性变 (Intervertebral disc degeneration, IDD) 的关键因素。虽然先前的研究已经鉴定出了许多NP前体细胞 (NP progenitor cells, NPPCs)的标记物，但是NPPCs的空间分布和分化轨迹仍不清楚。
本研究首次建立了出生后小鼠IVD的空间转录组图谱，分析了IVD的三个重要组分标记基因和生物功能，并对NP和AF进行了再分群和功能研究。该研究结合空间转录组数据和小鼠谱系示踪，验证了多数NPPCs标记物，但发现Tie2在NP亚群中表达缺失，推翻了以往的研究结果。新发现标记基因Ctsk，它位于外周区域的少量Ctsk阳性细胞，并参与了NP的整个形态学构建。
图6. 小鼠的椎间盘空间转录图谱的构建返回搜狐，查看更多
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