在中国质谱学会成立之前，于1980年9月出版了我国第一本质谱学期刊《质谱》，为中国质谱学会的成立准备了必要的条件。作为中国质谱学会的学术性刊物，进行了大量富有成效的学术交流，为促进我国质谱学事业的发展发挥了积极的作用。
自创刊以来，在中国科协、中国物理学会、中国科学院和主办单位的关怀下，在理事会的直接领导下，得到了全国广大质谱学工作者的大力支持，编委会和编辑部努力工作，同心协力，本刊经《质谱》—《质谱学杂志》—《质谱学报》，不断健康成长。
《质谱学报》随质谱学会的改选几经更换办刊地点，伴随着学会的发展壮大而成长。现在《质谱学报》是经国家科委批准，中国质谱学会、北京中科科仪股份有限公司共同主办，中国原子能科学研究院承办的专业性学术期刊。

办刊宗旨
刊登物理、化学、生物化学、材料学、核科学、地球科学、生命科学等基础学科中质谱的新理论、新方法、新技术及其在各领域的应用研究成果，同时介绍质谱及其相关技术在上述前沿课题研究中的最新进展，展示质谱技术在农业、石油、地质、药物、化工、临床医学、生物工程、原子能、同位素分析、环境监测、食品质控、材料分析、公安司法、军事部门等国民经济多领域的研究成果。